Że alarmuje to układ odpornościowy. Na nieszczęście materiał wydostający się z apoptotycznych komórek chorego na toczeń jest często nieprawidłowy. Dotyczy to zwłaszcza fragmentów chromosomów. W zdrowych komórkach pewne krótkie sekwencje DNA mają dołączone grupy metylowe, które funkcjonują jako znaczniki kontrolujące aktywność genów. W kompleksach immunologicznych krążących we krwi pacjentów z toczniem znajdujemy DNA o zmniejszonej ilości zmetylowanych sekwencji. Istnieje wiele powodów, aby przypuszczać, że ten zaburzony wzór metylacji przyczynia się do autoimmunizacji. W warunkach doświadczalnych taki słabo zmetylowany DNA może pobudzać wiele typów komórek układu odpornościowego, w tym limfocyty B, które przekształcają się w fabryki wytwarzające przeciwciała. Przypuszczalnie organizm mylnie uznaje niemetylowane sekwencje.